Самый "курортный" город на Иссык-Куле - Чолпон-Ата. А санаториев вокруг озера немало - тут уж "на вкус и цвет..." А Вы именно в санаторий хотите? На мой взгляд достаточно экзотическое место.
Хотя по своему опыту скажу, что смысл есть. Мы, например, отдыхали именно в санатории. Причем в самом, наверное, бюджетном на всем побережье - "Голубой Иссык-Куль" называется. Если выберете такой вариант - советую селиться в самый большой корпус (7-этажный) - по-моему, пятый. Это самое высокое здание в городе.Так что посмотреть тоже есть чего.
Но в этом санатории будьте готовы к погружению в соцреализм 80-х годов прошлого века - с тех пор там не изменилось практически ничего. Зато очень недорого. И за смешные деньги Вас еще и качественно полечат. Кто любит ретро - отличный вариант дешево но не очень комфортно отдохнуть. Каждому свое на вкус и цвет как говориться.
Если интересуют претензии на комфорт, то мне очень рекомендовали "Аврору". Это чуть дальше - в поселке Бостери (км 12 от Чолпон-Аты). Там все по высшему разряду (со слов рассказчиков). Но и уровень цен иной.
А вообще, вот здесь, например, можете еще что-нибудь подобрать: issykinfo.ru/sanatorium
Удачи! Все вперед на Чолпон-Ата...